Продолжая наблюдение подвожу итоги недели. Что известно и к чему готовиться.

Подсказка под тизером

В предыдущем наблюдении зафиксированы не очень обнадёживающие первые лабораторные данные по способности омикрона уходить от антител после вакцинации.

Теперь стали появляться первые отчеты разных стран по распространению и клиническому течению ковид-19, вызванному штаммом "омикрон"

Болдом буду выделять самое важное.

В Израиле зафиксирован первый тяжелый случай после заражения "омикроном"

Новый штамм коронавируса продолжает распространяться в Израиле. По данным на сегодняшний вечер, в стране зарегистрировано уже 106 случаев заражения "омикроном", в том числе - первый случай тяжелого течения заболевания. вызванного этим штаммом коронавируса, - об этом сообщает IsraelInfo.

Из зарегистрированных 106 случаев инфицирования "омикроном" 55 подтверждены генетическим секвенированием, а 51 диагностирован по специфическим результатам ПЦР-теста. Больной, который сейчас в тяжелом состоянии, не был инфицирован (кривой перевод?), - отмечает издание. подчеркивая, что "это первый известный тяжелый случай "омикрона" в Израиле".

Интересные данные приводятся по заболевшим в привязке к вакцинации. По данным минздрава Израиля, абсолютное большинство подтвержденных случаев "омикрона" - 42 из 55 - выявлены у людей, прошедших полную вакцинацию менее шести месяцев назад и считающихся "защищенными".

У 63 из 106 зараженных инфекция протекает бессимптомно, у 40 имеются те или иные симптомы заболевания, по трем случаям информация еще не поступила в минздрав.

В 11 из 55 подтвержденных случаев люди не ездили за границу и не имели контактов с вернувшимися из-за границы больными, что указывает на то, что южноафриканский штамма распространяется по территории Израиля.

Также сегодня были обнародованы результаты исследования, проведённого в крупном израильском медицинском центре имени Хаима Шибы. Главный вывод ученых: люди, получившие полный курс прививки вакциной Pfizer более пяти месяцев назад, не имеют практически никакой защиты против штамма "омикрон". Однако получившие третью, бустерную прививку, защищены, хотя эффективность этой защиты в четыре раза ниже, чем против штамма "дельта".

"[Сыворотка крови] людей, получивших вторую дозу вакцины пять или шесть месяцев назад, не обладает никакой нейтрализующей способностью против "омикрона". Хотя такая способность есть против варианта "дельта". И это очень тревожно. Но хорошая новость в том, что после бустерной дозы она возрастает в сотни раз и появляется значительная защита", - сказала в субботу вечером на виртуальной пресс-конференции одна из руководителей научной работы центра профессор Гили Регев Йохай.

"Эта защита ниже, чем способность нейтрализовать "дельту", примерно в четыре раза, но тем не менее она есть, и это внушает оптимизм. Мы еще не знаем, уменьшится ли эта защита со временем, мы проверим это позже, и это то, над чем мы сейчас работаем", - цитирует ученого ТАСС.

@dragan_covid

«Все случаи омикрона, про тяжесть течения которых имеется информация, протекают бессимптомно или легко», — доверительно сообщает ECDC из релиза в релиз. Такое же сообщение появилось и утром 9 декабря. Однако за день до этого администрация немецкого района Клеве опубликовала другой пресс-релиз — куда менее оптимистичный. 19 случаев омикрона: часть подтверждено, часть на проверке. 3 с тяжёлым течением. Два среди них — это дети. Вспышка началась с четырёх путешественников, вернувшихся из ЮАР 23 ноября: одна пара прилетела из Йоханнесбурга, где на тот момент уже доминировал омикрон, вторая — из Кейптауна. Пары познакомились друг с другом в ЮАР. Все полностью привиты. Симптомы появились после прибытия — 24 и 25 ноября, с 26 ноября больных изолировали и отправили на карантин. И стали восстанавливать их контакты. Вскоре стало ясно, что вспышку это не остановило. От прибывших заразилось минимум 7 местных жителей, от тех — ещё 7 человек. Также из ЮАР вернулся ещё один человек, который контактировал с индексными случаями. В двух случаях омикрон уже подтверждён (один из них — контактный), остальные на проверке. Из интересного: как отмечают в пресс-релизе, лаборатории «часто не хранят образцы», которые уже подтвердились, поэтому некоторым из заболевших потребуется сдать мазок повторно — а учитывая, что прошло уже немало времени, вирусной нагрузки для ПЦР и секвенирования может уже не хватить (о чём говорят сами чиновники). В отличие от большинства аналогичных пресс-релизов, в этом есть информация о тяжести болезни:

«В число [заболевших] входят дети, которые не были привиты. Все взрослые прошли полный курс вакцинации. Двое детей тяжело больны. У одного взрослого также тяжёлое течение болезни.Все остальные, получившие положительный тест, переносят болезнь относительно легко. У некоторых из них ковид протекает бессимптомно».

В предыдущем пресс-релизе, ещё 5 декабря, писали, что «сообщений о тяжёлом течении нет». Спустя несколько дней тяжёлое течение развилось уже у троих. ECDC, впрочем, о трёх тяжелобольных в 300-тысячном Клеве не знает. И хотя формально к ECDC не придраться (у остальных заболевших омикрон пока не подтверждён секвенированием), кажется полезным лишний раз напомнить, что именно означают эти обтекаемые бюрократические формулировки о «лёгких и бессимптомных случаях, о тяжести течения которых имеется информация». Дьявол в деталях: это не «все случаи, о которых известно», как можно было бы прочитать — это все случаи с подтверждённым омикроном, «о тяжести течения которых известно». С какими данными работает ECDC? На сайте организации сказано, что информацию она собирает из 400 различных источников: с сайтов минздравов (43% всех источников), из официальных соцсетей национальных минздравов (28%), с сайтов служб общественного здравоохранения (9%), из официальных СМИ и пр. В случае со странами Евросоюза ECDC также получает обновления через системы EWRS и TESS и через ВОЗ, а также отсматривает до 100 источников. И важно понимать, что как лукавые заявления ВОЗ об отсутствии смертей от омикрона не учитывают быстро растущую смертность в южноафриканском Гаутенге (где, по данным секвенирования, уже в ноябре более 90% приходилось именно на омикрон), так и ECDC, очевидно, учитывает не всех. У нас, конечно, зародился «экстремально мягкий» и «доброжелательный мутант». Однако точно ли он так безобиден?

Продолжаем с Европой. Сегодня у нас сразу три отчёта по омикрону — из Дании, Великобритании и США.

→ Что показывает датский отчёт

• Уже 1280 подтверждённых случаев. В Дании на омикрон приходится уже более 4,5% от всех выявленных случаев (за неделю до этого было 0,5%).

• Среди них 14% непривитых, 75% прошли полный курс вакцинации, ещё 9% получили бустеры, менее 3% привились однократно. При этом полностью вакцинировано в стране 77% населения (86% всех старше 12 лет).

• Большинство случаев приходится на детей и молодых. 20% — это дети и подростки (среди них 13% случаев — это когорта 15-19), 46% — молодые люди от 20 до 39, ещё 29% — люди в возрасте от 40 до 64. На когорту 65+ пока приходится всего 5%. Впрочем, такое распределение возрастов ожидаемо, если учесть, что первые вспышки произошли в кластерах среди детей и молодёжи (рождественский школьный обед, минимум два концерта, тусовка в баре).

• На сегодня в Дании уже 18 госпитализаций с омикроном (1,4% от выявленных случаев). Однако средний лаг между выявлением и госпитализацией в Дании составляет 6 дней. За 6 дней до этого было 377 случаев — при 18 госпитализаций это даёт долю госпитализированных в 4,8%. И это в 2,3 раза выше, чем в среднем по популяции: за последние две недели в больницу попадало 2−2,2% заболевших (с учётом лага в 6 дней). В Дании госпитализируют со среднетяжёлым течением.

→ Британский отчёт • В выборку попало 256 образцов, последний приходится на 4 декабря. Среди них 60% — это образцы за последнюю неделю до этого. • Вероятность передачи вируса в домашних условиях в 3,2 раза выше по сравнению с дельтой.

• Secondary attack rate вдвое выше по сравнению с дельтой: 21,6% против 10,7%. Вероятность того, что близкий контакт станет вторичным случаем, также вдвое выше. • Распространение омикрона быстро растёт. Скорость роста оценивается в 35% в сутки. Ожидается, что уже через неделю омикрон может сравняться с дельтой по числу заражений. • Предварительные данные показывают повышение риска реинфекции от 3,4 до 7,6 раз (нужно больше данных).

• Нейтрализующая активность сывороток привитых снизилась более, чем в 20 раз по сравнению с дельтой. Самое сильное снижение показывает AstraZeneca: для большинства сывороток нейтрализующая активность упала ниже предела количественного определения анализа.

• По ранним оценкам, эффективность вакцины против симптоматического ковида практически отсутствует. Наблюдается эффективность от 71 до 76% в первые два месяца после бустера. • Оценить эффективность против тяжёлого течения рано — на это потребуется несколько недель.

• Госпитализаций с омикроном пока не было. Впрочем, авторы отмечают: «Большинство образцов совсем недавние, и в силу задержки между заражением, госпитализацией и смертью пока невозможно делать выводы о риске госпитализации».

• 37% случаев — это путешественники, ещё 3% — их близкие контакты, 34% с путешествиями не связаны. По остальным случаям статус неизвестен.

• Большинство случаев пока приходится на молодых. 10% — это дети, 49% — молодые люди от 20 до 39, ещё 35 — когорта от 40 до 59. На 60+ приходится всего 6% случаев.

→ Американский отчёт

• Охвачено 43 случая. Среди них у 93% (40 человек) ковид был симптоматический.

• Среди заболевших только 19% не привито. 33% получили бустер, 47% — две дозы. У одного человека статус вакцинации неизвестен. • У шестерых (14%) это повторная инфекция. • История поездок за две недели до начала болезни была у трети заболевших.

• Самые частые симптомы: кашель (89%), усталость (65%), насморк (59%), высокая температура (38%), одышка (16%), было несколько случаев с пропажей обоняния. Сравните с сообщениями из ЮАР, где, если верить анекдотическим свидетельствам, у большинства больных нет респираторных симптомов.

• Был госпитализирован один человек, через два дня его выписали. • Как и с Данией и Великобританией, большинство случаев пока приходится на молодых: 9% — это дети до 18 лет, 58% — это молодые люди от 18 до 39, ещё 23% — когорта 40-64. На 65+ пока приходится всего 4 случая (9%).

А вот ещё один отчёт по омикрону — на этот раз у нас препринт из ЮАР.

Выборка здесь скромная, всего 7 человек — зато она ценна деталями. А ещё — картиной омикрона у трижды привитых молодых людей.

• Препринт описывает 7 случаев среди приезжих немцев. Средний возраст — 27,7 лет (шестерым 25-27, ещё одному 39), без сопутствующих заболеваний. Трое путешествовали по ЮАР, четверо проходили практику в разных больницах.

• Все трижды привиты, бустеры свежие — у 6 из 7 третья доза была за месяц до омикрона, ещё у одного за два месяца. Никто ранее не болел.

• Симптомы появились с 30 ноября по 2 декабря. В первые дни возникла боль в горле (86%), усталость (71%), головные боли (57%), сухой кашель (43%), давление в груди.

• Со временем симптомы менялись: через несколько дней у 100% был сухой кашель, у 86% — заложенность носа, у 71% — насморк.

• Период наблюдения ограничился семью днями. На седьмые сутки ещё никто не был здоров, у всех сохранялись симптомы: у 100% — сухой кашель, у 71% — насморк, у 57% — боль в горле, у 43% — одышка. (А что там с ранними свидетельствами из ЮАР о том, что омикрон проходит за два-три дня, вызывает лишь чувство усталости и практически не даёт респираторных симптомов?)

• Свои симптомы заболевшие описали как «лёгкие» или «средней тяжести». Это именно субъективная оценка, а не объективная картина тяжести болезни. Сатурация ни у кого не понижалась.

• Максимум вирусной нагрузки пришёлся на 4-й день после появления симптомов. Вирусная нагрузка у всех была высокая, в среднем — 6,69 x 10^7 копий/мл (это в 100 раз выше по сравнению с уханьским вариантом).

• На начало болезни у всех был высокий уровень антител к S-белку — в среднем 23 000 Au/ml, от 15 000 до 40 000+, тест-система Abbott Quant II. • Как авторы отмечают, период наблюдения короткий и составил всего неделю — у пациентов не исключено дальнейшее ухудшение состояние или постковидные осложнения. • Авторы делают очевидный вывод: призывы ставить бустеры — это хорошо, но этого, вероятно, недостаточно для предотвращения симптоматического ковида. Помимо бустеров необходимы также нефармацевтические меры.

→ Что здесь настораживает? • Сама выборка. Симптоматическая прорывная инфекция с высокой вирусной нагрузкой у семерых молодых людей без факторов риска, недавно получивших бустер, с высоким уровнем антител к спайку — это выглядит нехорошо. • Ещё неприятнее, что спустя неделю после начала болезни у всех сохранялась симптоматика (кашель, усталость, головная боль, насморк, заложенность носа и пр.). И это — среди трижды вакцинированных здоровых 27-летних. • Самое настораживающее — это жалобы на одышку среди троих заболевших (а одышка указывает на вероятное поражение лёгких). В то же время, какие-то экстраполяции на основе этих данных делать нельзя. Выборка небольшая, сильно смещённая, кроме того — неизвестен принцип отбора этих больных. В таблицах в препринте приведены ID для каждого пациента, и, хотя заболевших было 7, последний ID в списке 14 (нумерация порядковая, от 1 до 14, но с пропусками). Вероятно, изначально пациентов было минимум 14, но их характеристики нам неизвестны. Были ли они исключены из-за отсутствия бустеров или вообще как непривитые? Какой была их симптоматика? Сырых данных для обработки авторы, к сожалению, не приводят. И, будь вы хоть десять раз привиты, не забывайте о мерах — это и до омикрона было актуально, а с омикроном стало актуальней в разы. Дистанция, меньше контактов, по возможности отказ от мероприятий и массовых встреч, респираторы. Мы ещё почти ничего не знаем и не понимаем про омикрон, кроме того, что при нём, как и при дельте, и при прочих вариантах возможен весь спектр — от бессимптомного течения до тяжёлого, и с омикроном люди и попадают в больницы, и умирают. Мы не знаем, как часто это происходит, не понимаем про тяжесть течения, серьёзность прорывных инфекций и снижение защиты после вакцин и перенесённой болезни. Но оснований считать, что омикрон безобиден, с каждым днём всё меньше.

Ещё один презанятный отчёт по омикрону — теперь из Норвегии.

Вы наверняка помните этот случай, как среди сотни участников рождественского корпоратива в Осло большинство заразилось омикроном. Норвежцы опубликовали предварительный отчёт, и там всё ещё интересней.

• На корпоратив допускались только полностью привитые. Перед мероприятием также каждый сдавал тест (принимались тесты до 72 часов). Корпоратив прошёл 26 ноября.

• Все участники молодые — от 30 до 50 лет.

• Корпоратив посетило 111 человек, у 80 из них (73%) впоследствии обнаружили ковид. У 17 омикрон уже подтвердили, остальные на проверке. Норвежский минздрав предполагает у остальных также омикрон, предварительный анализ это подтвердил.

• Кроме того, заразилось ещё 60 человек, которые посещали ресторан в тот же вечер. • Среди 80 заболевших участников корпоратива бессимптомный случай был всего один. (А что там с заявлениями из ЮАР про повально бессимптомное течение, и это при доле позитивности свыше 50% в эпицентре?) • Остальные перенесли ковид с симптомами. Напомню: все полностью привиты, второй компонент получили 0-6 месяцев назад.

• Большинство сообщило о появлении симптомов через 3 дня после вечеринки. Тине Равло, главный врач района, где произошла вспышка, говорит об инкубационном периоде от 2 до 4 дней.

• У 70% среди симптомов были кашель, вялость, головная боль, боли в горле. У половины — лихорадка.

• Госпитализаций не было. Но, как отмечают в NIPH, на основании этого нельзя делать выводы о тяжести болезни — заболевшие молоды и полностью привиты.

• Стоит отметить, что в Норвегии сейчас госпитализируют 0,9−1,1% заболевших. И даже на случайной выборке, где были бы представлены все возраста (а не только молодые) и разные статусы вакцинации, на 80 выявленных статистически пришлось бы менее 1 госпитализированного. Впрочем, СМИ уже разнесли благую весть: «Свет в конце тоннеля пандемии. Самая большая вспышка омикрона в Европе оказалась МЯГКОЙ» • Вспышку связывают с сотрудником, вернувшимся из ЮАР.

О России.. без прикрас.

Мы не знаем, насколько омикрон распространён в России — но он уже успел показать колоссальную скорость распространения и в ЮАР, и в Великобритании, и в Дании. Вероятнее всего, в Россию омикрон попал не в начале декабря — а за несколько недель до этого; и, вероятно, на омикрон приходится несколько завозов. Подробнее об этом, с расчётами, напишу позже. У нас тем временем начинается сезон корпоративов и новогодних утренников — идеальные условия для суперспрединга. А омикрон любит такое. В датском Выборге 150 старшеклассников посетило рождественский обед, в итоге 64 человека ушло оттуда с омикроном. В испанской Малаге проходила рождественская вечеринка на 170 человек, и после неё ковид заполучили 68 врачей и медсестёр ОРИТ региональной больницы, при этом перед мероприятием делали экспресс-тест (но омикрон у них или дельта — неизвестно). В английском Сомерсете 14 из 18 гостей дня рождения также ушли с омикроном — хотя за 24 часа до мероприятия сдавали тесты, все полностью привиты, некоторые трижды. В Португалии один футболист заразил 12 игроков из команды после возвращения из ЮАР. В Шотландии минимум девять человек заболело на частном мероприятии.

А что у нас? А у нас — парад ослабления мер и подготовка к праздникам. Большинство российских регионов прямо сейчас ослабляет ограничения. Курская область разрешает общепиту проводить концерты, вечеринки и вообще массовые мероприятия, Ульяновская область разрешает 100% заполняемость для общепита (доступ по QR-кодам и сертификатам о вакцинации, которые так прекрасно сработали в Осло), в Ленобласти разрешили массовые мероприятия (конечно, по QR-кодам) и ослабили другие ограничения, так же поступила и Омская область. Примеры можно приводить и дальше — этот парад смягчения мер сейчас происходит повсеместно по всей России. Новый год же, не портить же теперь людям праздник. Да и четвёртая волна отступила, можно и пожить.

Ну и чтоб разбавить негатив.. Из Японии передают.

В Японии обнаружили связь между уровнем смертности от COVID-19 и генетикой

  ТОКИО, 12 декабря. /ТАСС/. Ученые японского государственного Института естественных наук (Рикэн) считают, что низкий уровень смертности от COVID-19 в Японии по сравнению со странами Европы и США связан в том числе с генетикой самих японцев. Такие данные они получили в ходе проведенного недавно исследования, сообщает в воскресенье газета The Japan Times.